Vào lúc 17:30, từ Tòa Sứ thần Tòa Thánh, Đức Thánh Cha đến Nhà thờ chính tòa thánh Giuse, cách đó khoảng 2,5 km để chủ sự Thánh lễ. Thánh lễ bắt đầu vào lúc 18:00 và được cử hành theo nghi lễ Canđê, bằng các ngôn ngữ: Ý, Canđê và Ả Rập.

Nhà thờ chính tòa thánh Giuse ở Baghdad được xây dựng để đáp ứng nhu cầu của cộng đoàn Công giáo Canđê. Trong những năm 50 các tín hữu đã rời khu phố cổ Agd al Nasara đến định cư nơi đây. Đức Thượng phụ Canđê Yusef VII Ghanima đã đặt viên đá đầu tiên xây nhà thờ vào ngày 14/11/1952,

Đức Thánh Cha nói với các đại diện các tôn giáo có cùng tổ phụ Áp-ra-ham điều mà ngài không mệt mỏi nhắc với mọi thành phần nhân dân Iraq, đó là lời mời gọi cùng nhau tiếp tục dấn thân và bám chặt vào hòa bình, xây dựng một tương lai mới bằng sự đoàn kết và thân hữu để vượt qua vết thương của quá khứ nhờ hòa giải và cùng chung sống huynh đệ

Vào khoảng 11:30 thứ Bảy ngày 06/03/2021, Đức Thánh Cha tham dự cuộc gặp gỡ liên tôn với các đại diện của ba tôn giáo có cùng tổ phụ Abraham tại thành Ur cổ.

Đức Thánh Cha bắt đầu ngày tông du thứ II lúc 6 giờ 50 sáng bằng việc ra sân bay Baghdad cách Toà Sứ Thần 28km, để bay đến Najaf, nơi ngài sẽ gặp Đại Ayatollah Sayyid Ali Al-Husayni Al-Sistani, lãnh đạo của Hồi giáo Shiite Iraq.

Sau khi gặp gỡ chính quyền, xã hội dân sự và ngoại giao đoàn tại Dinh Tổng thống, ĐTC di chuyển bằng xe đến Nhà thờ chính toà Công giáo Siri ‘Đức Mẹ Ơn Cứu Chuộc’ cách đó 8km để gặp gỡ các giám mục, linh mục, tu sĩ nam nữ, chủng sinh và giáo lý viên.

Sau cuộc hội kiến riêng với tổng thống Barham Salih và gia đình, lúc gần bốn giờ chiều, Đức Thánh Cha tiến sang phòng khánh tiết để gặp gỡ khoảng 150 nhân vật, gồm các vị lãnh đạo chính trị và tôn giáo, ngoại giao đoàn, đại diện các tầng lớp xã hội và văn hóa của Iraq.

Sau khi hội đàm với Thủ tướng Iraq tại phi trường Baghdad, lúc khoảng 14:30 giờ ngày 5/3/2021, giờ địa phương, Đức Thánh Cha đi xe đến Dinh Tổng thống cách phi trường 21 km để gặp Tổng thống.

Dù chính phủ Iraq đã chặn các con đường chính, nhưng dọc đường gần sân bay có nhiều người dân Iraq cầm cờ reo hò, vui mừng chào đón Đức Thánh Cha. Xe bọc thép chở Đức Thánh Cha được một đoàn xe mô-tô của cảnh sát mở đường và nhiều xe khác hộ tống.

Trong một sứ điệp video gửi đến người dân Iraq, được công bố hôm trước ngày khởi hành đến Baghdad, Đức Phanxicô mời gọi các Kitô hữu, cũng như tất cả “anh chị em của mọi truyền thống tôn giáo”, hãy “củng cố tình huynh đệ, cùng nhau xây dựng một tương lai hòa bình”. Ngài cầu xin Chúa ban “sự tha thứ và hòa giải sau nhiều năm chiến tranh và khủng bố”.