Ngay khi máy bay cất cánh, Đức Thánh Cha đã gửi điện thư cho Nhật hoàng Naruhito với nội dung như sau:

Từ giã nước Nhật, một lần nữa tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến Hoàng thượng, với các thành viên của gia đình hoàng gia và tất cả người dân Nhật Bản, vì sự chào đón nồng nhiệt và lòng hiếu khách nồng hậu. Tôi cầu nguyện cho quý vị và cầu xin phước lành của Chúa trên tất cả quý vị.

Chương trình buổi chiều ngày 25/11 của ĐTC tại Tokyo bắt đầu lúc 16 giờ, với Thánh Lễ tại hội trường thể thao Tokyo Dome, với sự hiện diện của hơn 50 ngàn tín hữu, trong đó có rất nhiều tín hữu Việt Nam với một số bài hát tiếng Việt được hát trong Thánh Lễ.

Tokyo Dome được khánh thành năm 1988 sau gần 3 năm xây dựng, với sức chứa lên đến 53 ngàn người.

Vào lúc 11 giờ 30’ 25/11/2019, ĐTC di chuyển tới Nhà thờ Chính tòa Thánh Maria để gặp giới trẻ. Trọng tâm của buổi gặp gỡ được bắt đầu với các chứng từ của ba bạn trẻ: Công giáo, Phật giáo và di dân. ĐTC nhấn mạnh: Điều quan trọng không phải là hỏi tại sao tôi sống, nhưng tôi sống vì ai; Chúng ta không thể tự chụp hình selfie cho linh hồn.

Lúc 18 giờ 40 ngày 24/11, ĐTC tham dự cuộc gặp gỡ vì hoà bình tại đài tưởng niệm hòa bình tại Hiroshima, với sự hiện diện của khoảng 1.300 người. Sau khi ký vào sổ lưu niệm, ĐTC đến quảng trưởng nhỏ và chào 20 lãnh đạo tôn giáo và gặp các nạn nhân hiện diện. Sau khi nghe lời chứng của hai nạn nhân bom nguyên tử, ĐTC có một bài diễn văn trước những người hiện diện.

Lúc gần 1 giờ rưỡi chiều, Đức Thánh Cha từ tòa Tổng giám mục Nagasaki đến để cử hành thánh lễ đầu tiên ở Nhật Bản, tại Sân dã cầu chỉ cách đó 600 mét. Trời không còn mưa như ban sáng nữa, và 35 ngàn tín hữu đã có mặt tại thao trường để sẵn sàng dự lễ với Đức Thánh Cha. Ngoài các chỗ xung quanh có mái che, còn có hàng ngàn tín hữu ngồi tại sân chơi trong thao trường. Trong số các tín hữu hiện diện cũng có nhiều anh chị em tín hữu Công Giáo Việt Nam.

Sáng Chúa nhật 24/11/2019, dưới trời mưa tầm tã, Đức Thánh Cha Phanxicô đã gửi sứ điệp kêu gọi tiến đến một thế giới không còn võ khí hạt nhân, và dùng tiền sắm võ khí để phát triển sự sống của con người.

Nagasaki là chặng dừng đầu tiên của Đức Thánh Cha trong ngày thứ hai viếng thăm Nhật Bản.

Được hỏi sau những chuyến thăm các nước khác nhau của Á châu, đâu là đóng góp của Giáo hội Á châu cho Giáo hội hoàn vũ mà Đức Thánh Cha mong đợi, ngài trả lời: “Điều đầu tiên làm tôi xúc động đó là sự siêu việt. Giáo hội Á châu là một Giáo hội với chiều kích siêu việt, bởi vì trong nền văn hóa của các quốc gia này có một dấu hiệu cho thấy tất cả không kết thúc trên trái đất này. Chiều kích siêu việt này tốt cho các quốc gia phương Tây. Chúng ta cần điều đó.”