Sau cuộc gặp gỡ người di dân, Đức Thánh Cha di chuyển đến xây bay quốc tế của Malta cách đó 4 cây số để bay trở về Roma. Ngài đã hội đàm cùng Tổng Thống Malta ít phút trước khi lên máy bay. Máy bay chở Đức Thánh Cha cất cánh lúc 19:15 phút, trễ gần một giờ so với chương trình.

Trong diễn văn nói với người di dân ở Malta, Đức Thánh Cha hy vọng chính họ, sau khi được đón tiếp với lòng tốt, cũng trở thành những người đón tiếp tha nhân. Đức Thánh Cha nhớ đến những người di cư ở mọi châu lục.

Sáng ngày 3/4, ngày thứ hai của chuyến tông du, ĐTC đã chủ sự Thánh Lễ tại quảng trường Vựa Lúa với khoảng 20 ngàn tín hữu tham dự, cùng với các đại diện các Giáo hội Kitô và các tôn giáo khác.

Ngày thứ hai cũng là ngày cuối trong chuyến tông du của Đức Thánh Cha đến Malta được bắt đầu bằng buổi gặp gỡ ngắn với các tu sĩ Dòng Tên tại Toà Sứ thần ở Rabat. Sau đó lúc 8 giờ 30, Đức Thánh Cha đến kính viếng Hầm Thánh Phaolô ở Vương cung thánh đường thánh Phaolô tại Rabat cách đó 1,3 km.

Đức Thánh Cha nói với các tín hữu Malta: “Một đức tin được tạo thành từ những truyền thống đã được tiếp nhận, những cử hành long trọng, những lễ hội phổ biến và những khoảnh khắc mạnh mẽ và đầy cảm xúc là không thể đủ; chúng ta cần một đức tin được xây dựng và không ngừng đổi mới trong cuộc gặp gỡ cá nhân với Chúa Kitô, trong việc lắng nghe lời Người hằng ngày, trong việc tham gia tích cực vào đời sống của Giáo hội và trong lòng đạo đức bình dân đích thực.”