Đức cha Delgado bị giam trong cũi gỗ với chắn song phủ kín bốn phía, chỉ chừa một lỗ nhỏ bên trên để đưa cơm nước cho tù nhân. Một viên quan xúi Đức cha: “Ông đã bị bắt, ông có thể tự vẫn như những người dũng cảm khác thường làm”. Đức cha trả lời: “Chúng tôi không được tự vẫn, vì đó là trọng tội. Nhưng nếu vì đạo, quan truyền giết tôi thì tôi hết sức vui mừng”.

Tại Đồng Hới, ông Quỳnh vui mừng vì được giam cùng với Đức cha Borie – Cao, cha Điểm, cha Khoa và thầy Tự. Có lần lính trói ông lôi qua Thánh Giá, ông liền phản kháng: “Việc này do quan lớn làm, nếu có tội là quan phạm tội, chứ không phải tôi”. Ông khẳng định: “Thà chết không thà chối Chúa, dù chỉ trong giây lát”.

Quan truyền thầy bước qua thập giá rồi tha về nhưng thầy dứt khoát từ chối. Quan quát mắng: “Nếu mày không xuất giáo, ta sẽ chém đầu!”. Thầy Uyển ung dung trả lời: “Thưa quan lớn, tôi phải được chém chết mới mong được sống lại”. Quan truyền lệnh đóng gông và tống ngục.

Tại công đường, quan ra lệnh cho 4 tên lính cầm gông khiêng thầy bước qua Thánh Giá nhưng thầy cố co chân lên để khỏi chạm vào ảnh. Thấy thế, lính dùng gậy đánh vào hai chân thầy.

Án lệnh từ kinh đô Huế về đến công đường Vĩnh Long. Ngày 03/07/1853, cha Minh bình an, lần chuỗi tiến ra pháp trường. Lời nguyện cuối cùng của cha còn âm vang trong lòng những người hiện diện: “Lạy Chúa, xin thương xót con. Lạy Đức Giêsu, xin cho con sức mạnh và can đảm chịu khổ để vinh danh Ngài. Lạy Mẹ Maria, xin nâng đỡ con”. Thi hài của cha được an táng trong lòng Nhà thờ Cái Mơn. Năm 1960, hài cốt của ngài được đưa về Nhà thờ Đức Bà Sài Gòn trong dịp lễ Cung hiến thánh đường.