Thấy tình thế bị đe dọa quá sợ hãi, cha Vinh Sơn Đỗ Yến âm thầm ra đi trong nỗi niềm đau xót khi phải bỏ đoàn chiên. Lợi dụng lúc tối trời cha trốn sang họ Thừa rồi tìm đường đến họ Lực Điền Hưng Yên.Trên đường đi, Ngài  gặp ông Cai Phan là chỗ quen biết. Ông Cai Phan tỏ vẻ cảm thông và năn nỉ Cha dừng chân tạm nghỉ ở nhà ông. Ngay đêm hôm ấy, ông trở mặt bắt Cha, đóng gông và giải Cha về Hải Dương. Giáo dân Kẻ Sặt và Lưc Điền biết tin liền chạy đến đem tiền bạc điều đình để chuộc Cha.

Khi đối diện quan Tổng đốc Trịnh Quang Khanh, thầy Toán tuyên xưng đạo Chúa cách uy hùng. Quan ngỡ ngàng, truyền đánh một trận dã man. Khi quân lính kéo lê thầy qua Thánh Giá, thầy vùng dậy quỳ phục hôn kính ảnh thánh và lớn tiếng đọc kinh ăn năn tội. Quan ra lệnh lột quần áo, tiếp tục đánh, buộc hai thánh Giá vào chân và bắt phơi nắng, không cho ăn uống, bị mọi người sỉ vả, chửi mắng. Thầy Toán im lặng chịu đựng không một lời ta thán.

Khi thầy Toán đói lả, quan cho bày mâm cơm thịt rượu ngon lành, mời ăn rồi bước qua Thánh Giá. Thầy cương quyết: “Nếu ăn mà phải xuất giáo tôi không bao giờ ăn cả”.

Trong một lần di chuyển để tránh bách hại, Đức cha Henares – Minh và thầy Chiểu đang ở trên con thuyền từ Quất Lâm, định ra khơi, nhưng gặp mưa bão kinh hoàng. Một lương dân thấy con thuyền có vẻ khả nghi, mới mời hai cha con vào tạm trú trong nhà mình cho qua cơn giông tố. Nhưng rồi ban đêm, ông đã đi trình báo quan lớn để nhận tiền thưởng trọng hậu.