Khi cuộc bắt đạo diễn ra, cha Hạnh đang làm mục vụ cách âm thầm tại làng Quần Anh Hạ. Khi tình hình căng thẳng, cha muốn chuyển sang làng Trung Thành. Hai người làng Quần Anh hứa đưa cha đến nơi an toàn nhưng chính họ lại bắt nộp cha cho quan. Ngày 07/05/1838, cha bị bắt giải về thị trấn Nam Định.

Khi quan khuyên cha bước qua Thập giá, cha nói: “Thập tự đối với chúng tôi tượng trưng cho ơn cứu độ, nên không ai được chà đạp, vì đó là một trọng tội”.

Sau cùng cha Quý được cử về giáo họ Đầu Nước, Cù Lao Giêng, An Giang. Khi quân tổng đốc An Giang bao vây nhà ông Lê Văn Phụng, cha Quý đã ẩn náu an toàn nhưng ra trình diện để cứu gia chủ. Cha nói “Tôi là đạo trưởng. Ai muốn theo đạo, tôi sẵn sàng chỉ dạy”.

Thế là cha Quý, ông Phụng và 32 tín hữu bị xiềng xích giải về Châu Đốc. Quan tổng đốc khuyên cha bỏ đạo: “Thầy là người thanh liêm, nhân từ, đức hạnh, tại sao lại mê theo tà đạo”. Cha Quý trả lời: “Dạ, thưa quan tôi là người giảng dạy đạo này, sao lại có thể bỏ đạo cho được? Vả nữa, đây là chính đạo, vì chỉ dạy điều tốt lành, chứ không phải là tà đạo như quan hiểu lầm đâu”.

Ngày 08/07/1858 tại Kiên Lao, Đức cha Xuyên bị bắt cùng hai chú giúp lễ Nguyễn Tiệp và Mai Hiến. Sau 20 ngày trong ngục, Đức cha lãnh án lăng trì ngày 28/07/1858. Trên đường ra pháp trường Bảy Mẫu, một tay cầm sách nguyện, tay còn lại Đức cha giơ cao ban phép lành cho dân chúng. Tuy nhiên cũng có kẻ lấy bùn ném vào ngài.

Nghe bản án tử hình, thầy Anrê tỏ vẻ thanh thản và vui mừng. Thầy khích lệ những người đến thăm, xin họ cầu nguyện cho mình được ơn trung thành. Thầy lặp lại nhiều lần: “Chúng ta hãy lấy tình yêu để đáp lại tình yêu của Chúa chúng ta, hãy lấy mạng sống đáp lại mạng sống”.

Đến nơi hành hình, quân lính đẩy thầy Anrê quỳ xuống và trói hai tay. Thầy nhắn nhủ các tín hữu đang hiện diện: “Hãy kiên vững trong đức tin, đừng buồn phiền vì cái chết của thầy, và hiệp lời cầu nguyện cho thầy được trung kiên đến cùng”. Sau đó thầy bị hành hình đang khi thầy vẫn không ngừng kêu lên danh thánh “Giêsu”