Mùa xuân năm 1862, anh Túc bị bắt khi vừa tròn 19 tuổi. Sau đó, anh bị biệt giam bốn tháng tại ngục Đông Khê, phủ Khoái Châu. Người nhà đút lót tiền bạc để giúp anh tìm cách trốn khỏi ngục nhưng anh khẳng khái từ chối: “Tôi sẽ không trốn bất cứ cách nào, vì nếu tôi trốn sẽ làm khổ cho người khác. Chúa muốn thế nào? Tôi xin vâng như thế!”

Anh Hạnh bị bắt, bị tra khảo và bị ghép tội theo giặc Tây. Anh cương quyết phủ nhận việc theo giặc, chỉ một mực nhận mình là người Công giáo. Quan ra lệnh tra tấn anh hết sức dã man để bắt anh nhận tội phản quốc và buộc anh bước qua Thập giá. Nhưng cực hình không làm thay đổi lòng anh. Anh chỉ tuyên xưng một điều: “Tôi là Kitô hữu. Tôi không bao giờ chối đạo.”