Quan truyền thầy bước qua thập giá rồi tha về nhưng thầy dứt khoát từ chối. Quan quát mắng: “Nếu mày không xuất giáo, ta sẽ chém đầu!”. Thầy Uyển ung dung trả lời: “Thưa quan lớn, tôi phải được chém chết mới mong được sống lại”. Quan truyền lệnh đóng gông và tống ngục.

Tại công đường, quan ra lệnh cho 4 tên lính cầm gông khiêng thầy bước qua Thánh Giá nhưng thầy cố co chân lên để khỏi chạm vào ảnh. Thấy thế, lính dùng gậy đánh vào hai chân thầy.

Án lệnh từ kinh đô Huế về đến công đường Vĩnh Long. Ngày 03/07/1853, cha Minh bình an, lần chuỗi tiến ra pháp trường. Lời nguyện cuối cùng của cha còn âm vang trong lòng những người hiện diện: “Lạy Chúa, xin thương xót con. Lạy Đức Giêsu, xin cho con sức mạnh và can đảm chịu khổ để vinh danh Ngài. Lạy Mẹ Maria, xin nâng đỡ con”. Thi hài của cha được an táng trong lòng Nhà thờ Cái Mơn. Năm 1960, hài cốt của ngài được đưa về Nhà thờ Đức Bà Sài Gòn trong dịp lễ Cung hiến thánh đường.

Thấy tình thế bị đe dọa quá sợ hãi, cha Vinh Sơn Đỗ Yến âm thầm ra đi trong nỗi niềm đau xót khi phải bỏ đoàn chiên. Lợi dụng lúc tối trời cha trốn sang họ Thừa rồi tìm đường đến họ Lực Điền Hưng Yên.Trên đường đi, Ngài  gặp ông Cai Phan là chỗ quen biết. Ông Cai Phan tỏ vẻ cảm thông và năn nỉ Cha dừng chân tạm nghỉ ở nhà ông. Ngay đêm hôm ấy, ông trở mặt bắt Cha, đóng gông và giải Cha về Hải Dương. Giáo dân Kẻ Sặt và Lưc Điền biết tin liền chạy đến đem tiền bạc điều đình để chuộc Cha.